Em São Luis do Maranhão a Igreja da Sé ou Catedral Metropolitana ou ainda, Igreja de Nossa Senhora da Vitória, foi a primeira igreja matriz da cidade.
O início da sua construção foi motivada por uma peste que assolava a população na época. Em 1619, o 3º capitão-mor Diogo Machado da Costa, com o intuito de reforçar a fé dos atingidos pela varíola, mandou, com seus próprios recursos construir uma igreja que daria origem à atual catedral metropolitana. Inaugurada em 1622 pelo mesmo Capitão-Mor. Em 1 de julho 1687, a Câmara de São Luís deu licença para que fosse construída uma nova igreja e, no ano de 1690, foi iniciada a nova Sé. Próximo ao local onde fora levantada uma Capela pelos Jesuitas em 1625, a Companhia de Jesus deu início às obras da igreja de Nossa Senhora da Luz ao lado do colégio Jesuíta, conforme desenho feito pelo padre Felipe Bertendorf e aprovado por Roma. Os materiais para construção da Igreja foram doados pela população e levantada por mão-de-obra indígena.

O colégio dos Jesuitas passou a ser o Palácio Episcopal e sua planta possui forma de cruz latina. A Igreja de Nossa Senhora da Luz, passou a ser a Catedral, rebatizada de Nossa Senhora da Vitoria. A Catedral Metropolitana de São Luís sofreu inúmeras reformas, restaurações e adaptações, mais somente em 1922 devido as comemorações do centenário da independência do Brasil, que a Igreja ganhou uma grande reforma, se tornando aparentemente o que externa hoje. Nesse mesmo ano a imagem de Nossa Senhora da Vitoria, obra esculpida pelo português Joaquim Pereira Costa, foi colocada no lugar da cruz de ferro, no alto da Igreja.
Foi nessa reforma que a igreja ganhou seu estilo neoclássico, formando um conjunto uniforme com o Palácio Episcopal. A construção da 2ª torre foi nessa reforma. O altar-mor constitui uma das melhores obras de talha existentes em São Luís e é um dos melhores exemplares da época no Brasil colônia, apesar de ter sido um pouco alterado no início do século XIX com a adição de um camarim na parte central. Nele encontram-se duas imagens: uma de São Pedro e outra de São Luís Rei de França. O teto em abóbada possui pintura do artista plástico João de Deus, feita em 1954. Outros elementos de elevado valor histórico são cinco cobres pintados a óleo que representam parte da via sacra e o lavabo da sacristia, que apresenta dois golfinhos confeccionados em mármore.
No período de 1993 a 1996, a 3ª Superintendência Regional do Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (Iphan) realizou obras de restauração que recuperaram o ouro primitivo “encoberto por pintura azul e branca que refletem um simbolismo litúrgico muito frequente no barroco luso-espanhol, austríaco e sul-americano em geral”.
Em 2013 iniciou mais uma grande reforma de conservação e adaptação na Catedral. Para reformar o Altar-mor, peça de grande importância para a história da arte e do cristianismo no Brasil, foram utilizadas tintas e mão de obra especial. Só de ouro 22 quilates, vindos da Itália. Tudo para ter de volta o altar igual a como era na inauguração de 1699, desenhado pelo padre Bertendorf.
